Uczelnia rozpoczęła działalność w 1920 roku jako Państwowa Akademia i Szkoła Muzyczna, przemianowana w 1922 roku na Państwowe Konserwatorium Muzyczne. Pierwszym dyrektorem był kompozytor Henryk Opieński. W okresie międzywojennym funkcję tę kolejno sprawowali: wiolonczelista Zygmunt Butkiewicz (1926-1929) i skrzypek Zdzisław Jahnke (1930-1939). W gronie pedagogów znajdowali się m.in.: kompozytorzy – Feliks Nowowiejski, Stanisław Wiechowicz; pianiści – Gertruda Konatkowska, Józef Turczyński; śpiewacy – Maria Trąmpczyńska, Michał Prawdzic; muzykolodzy – ks. Wacław Gieburowski, Łucjan Kamieński; kontrabasista – Adam Bronisław Ciechański; wiolonczelista – Dezyderiusz Danczowski.

Konserwatorium było nie tylko cenioną placówką dydaktyczną, ale także ważnym ośrodkiem życia muzycznego Poznania. Do 1939 roku dyplom ukończenia uczelni otrzymało 130 absolwentów. Po wojnie, w październiku 1945 roku, uczelnia wznowiła swą działalność w obecnej siedzibie przy ul. Św. Marcin, od roku 1947 funkcjonując jako Państwowa Wyższa Szkoła Muzyczna, a od 1981 roku jako Akademia Muzyczna im. Ignacego Jana Paderewskiego. Do 31 sierpnia 2010 roku uczelnia prowadziła także Filię w Szczecinie uruchomioną (początkowo jako Punkt Konsultacyjny) w 1961 roku.

Stanowisko rektora uczelni piastowali kolejno: Zdzisław Jahnke (1945-1948), muzykolog Zygmunt Sitowski (1948-1951), pianista Wacław Lewandowski (1951-1961), chórmistrz Edmund Maćkowiak (1961-1967), muzykolog i dyrygent Stefan Stuligrosz (1967-1981), pianista Waldemar Andrzejewski (1981-1987), chórmistrz Stanisław Kulczyński (1987-1993), oboista Mieczysław Koczorowski (1993-1999), wiolonczelista Stanisław Pokorski (1999-2005), pianista Bogumił Nowicki (2005-2012). Od września 2012 roku rektorem Akademii jest dr hab. Halina Lorkowska, prof. AM.

Z poznańską uczelnią związane są wybitne osobowości artystyczne: dyrygenci – Walerian Bierdiajew, Stanisław Wisłocki; pianiści – Olga Iliwicka-Dąbrowska, Władysław Kędra, Raul Koczalski, Stanisław Szpinalski; kompozytorzy – Florian Dąbrowski, Andrzej Koszewski, Stefan Bolesław Poradowski, Tadeusz Szeligowski; śpiewacy – Antonina Kawecka, Marian Kouba, Stanisław Romański, Irena Winiarska; skrzypkowie – Jadwiga Kaliszewska, Edward Statkiewicz; perkusista – Jerzy Zgodziński.

Akademia Muzyczna im. I. J. Paderewskiego nadała tytuły doktorów honoris causa dwóm znakomitym dyrygentom o międzynarodowej sławie: Janowi Krenzowi w 2000 roku i Stefanowi Stuligroszowi w 2002 roku. W październiku 2007 uczelnia nadała ten zaszczytny tytuł prof. Jadwidze Kaliszewskiej – słynnej skrzypaczce, wychowawcy grona światowej sławy wirtuozów, wybitnemu pedagogowi, od lat związanej z poznańską Akademią. W październiku roku 2010 uczelnia uhonorowała tytułem doktora honoris causa Maestro Wiesława Ochmana. W dniu 24.04.2013 Senat Akademii jednogłośnie podjął uchwałę o nadaniu tego najwyższego akademickiego wyróżnienia prof. Andrzejowi Koszewskiemu – wybitnemu kompozytorowi, muzykologowi i wieloletniemu pedagogowi poznańskiej Alma Mater. Uroczystość odbyła się 15.05.2013 i w jej trakcie wręczono również Profesorowi nagrodę Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego – Złotą Glorię Artis.

Studenci i pracownicy Akademii zdobywają nagrody na prestiżowych konkursach muzycznych, m.in. w: Aqua, Alessandrii, Darmstadt, Haarlem, Kolonii, Mediolanie, Moskwie, Paryżu, Sankt Petersburgu, Tokio, Wiedniu.

W latach 1945-2005 dyplomy ukończenia studiów otrzymało łącznie (w Poznaniu i Filii w Szczecinie) ponad 3500 absolwentów. Obecnie w poznańskiej Akademii uczy się ponad 700 osób pod kierunkiem 240 nauczycieli akademickich, w tym 53 z tytułem profesora.